Perintah yang biasa digunakan dalam manajemen direktori antara lain:
mkdir = membuat direktori (make directory)
rmdir = menghapus direktori (remove directory)
rm = menghapus file atau direktori
cd = pindah direktori (change directory)
pwd = melihat direktori aktif (print work directory)
cp = menyalin file atau directori (copy)
mv = memindahkan atau mengganti nama file atau directori (move)
Perizinan file dan direktori dibagi atas 3 macam akses, antara lain :
READ (r). membaca file atau direktori
WRITE (w). menulis dan mencipta file atau direktori
EXECUTE (x). mengakses file atau memasuki direktori